زمینه و هدف: کشت و رنگ آمیزی های زیل نلسون و فلوئورسنت، روش های استاندارد تشخیص سل هستند. وقت گیر بودن و گاه دقت پایین آنها مطرح کننده نیاز به روش های تشخیصی سریع تر و دقیق تر می باشد، روش هایی که بتوانند در موارد عدم دسترسی به نمونه مناسب جهت اسمیر و کشت، جایگزین اقدامات تهاجمی گردند و علاوه بر آسان و سریع بودن، دقت تشخیصی قابل قبول داشته باشند. هدف از این مطالعه، بررسی ارزش تشخیصی PCR خون در سل ریوی می باشد.روش تحقیق: این مطالعه روایی یک روش تشخیصی، بر روی 64 بیمار مبتلا به سل ریوی اثبات شده (بر اساس معیارهای پروتکل ملی سل) و 28 فرد کاملا سالم انجام گرفت. از تمام این افراد 4.5 میلی لیتر خون تهیه و با 0.5 میلی لیتر EDTA مخلوط گردید. آزمایش PCR پس از DNA Extraction با استفاده از پرایمر SI 6110 انجام شد.یافته ها:میانگین سنی گروه مورد، 18.6±49.8 و در گروه شاهد 18.5±48.2 بود و از این افراد به ترتیب 48.4% در گروه مورد و 25% در گروه شاهد مرد بودند. PCR خون در 23 بیمار مبتلا به سل ریوی، مثبت گزارش شد، اما هیچکدام از افراد گروه شاهد، PCR مثبت نداشتند که حساسیت 35.7% و ویژگی 100% برای این آزمایش محاسبه می گردد.نتیجه گیری: با در نظر گرفتن ویژگی %100 PCR (علی رغم حساسیت کم)، در شرایطی که دسترسی به یک نمونه مناسب وجود ندارد، PCR مثبت خون نیاز به انجام اقدامات تهاجمی را برطرف می کند و با قطعی شدن سریع تشخیص و درمان زودرس، بیمار نجات می یابد.

دستگاه ادراری- تناسلی یکی از محل های شایع درگیری در سل خارج ریوی است. تظاهرات و علایم آزمایشگاهی و رادیولوژیک سل دستگاه ادراری- تناسلی (Genitourinary Tuberculosis یا GUTB) اغلب غیراختصاصی و تاخیری هستند. تست های موجود تشخیصی نیز از حساسیت پایینی برخوردار می باشند و یا زمان زیادی می برند. بر این مبنا مطالعه حاضر نقش تست (polymerase chain reaction یا PCR) در تشخیص این بیماری را مورد بررسی قرار داده است.روش ها: در یک مطالعه توصیفی، 33 نفر از بیماران با تشخیص قطعی سل دستگاه ادراری – تناسلی انتخاب شدند. اطلاعات دموگرافیک، علایم بالینی و آزمایشگاهی و یافته های رادیولوژیک بیماران جمع آوری شد. قبل از شروع درمان ضد سل نیز آزمایش PCR در سه نوبت روی نمونه ی ادرار بیماران انجام و ارزش تشخیصی آن با متدهای استاندارد رایج مقایسه شد.یافته ها: میانگین سنی بیماران 47.27±16.1 سال بود. شایع ترین تظاهر بیماری، علایم تحریکی ادراری در 51.5% بیماران و پس از آن درد پهلوها (27.2%)، هماچوری گروس (9%) و درد سوپراپوبیک (9%) بود. در آزمایش UA (urinalysis)، 8.75% از بیماران هماچوری و 60.6% پیوری داشتند. (IVU) Intravenous urography در 61.5% بیماران یافته های غیرطبیعی داشت که شایع ترین یافته ها اتساع سیستم پیلوکالیس (44%)، تنگی حالب و هیدرویورتر (37%) و دفرمیتی های کوچک و متعدد کالیس ها (25%) بود. در 16 بیمار نتیجه تست PCR مثبت شد (48.5%)؛ اما حساسیت تست در بیمارانی که IVU غیرطبیعی داشتند، بیشتر بود و به 62.5% می رسید.نتیجه گیری: تست PCR برای جستجوی مایکوباکتریوم توبرکلوزیس در ادرار را باید به عنوان یک روش کمکی در تشخیص GUTB در کنار سایر روش های تشخیصی در نظر داشت؛ ولی به عنوان تنها روش تشخیصی توصیه نمی شود.

مقدمه: درماتوفیت ها، گروهی از قارچ ها هستند که بافت های کراتینه ی پوست، مو و ناخن را در انسان و حیوان مورد حمله قرار می دهند و عفونت هایی تحت عنوان درماتوفیتوزیس (کچلی) ایجاد می کنند. از آن جایی که شناسایی قارچ های پاتوژن در سطح گونه جهت ردیابی منبع عوامل ایجاد کننده، کنترل و پیش گیری و اپیدمیولوژی عفونت حایز اهمیت است، استفاده از روش های تشخیصی اختصاصی و حساس برای شناسایی عوامل درماتوفیتوزیس ضروری به نظر می رسد. روش ها: نمونه های بالینی (پوسته، ناخن و مو) مبتلایان به درماتوفیتوزیس در شهر مشهد بر روی محیط کشت مایکوزیل آگار کشت داده شد و سپس، ژنوم کلنی های درماتوفیت های به دست آمده، توسط کیت مخصوص استخراج گردید. ژن Internal transcribed spacer (ITS) توسط پرایمرهای ITS1 و ITS4، تکثیر و سپس، تعیین توالی آن ها انجام شد. در نهایت، نتایج توالی ها با نرم افزار SeqMan، آنالیز گردید و جواب آن ها با موارد موجود در پایگاه داده ای قارچی هلند مقایسه شد. یافته ها: 80 ایزوله ی درماتوفیتی در این مطالعه تعیین توالی شدند که شامل 9 گونه ی درماتوفیتی و عبارت از 23 مورد (8/28 درصد) Trichophyton interdigitale، 18 مورد (5/22 درصد) Trichophyton tonsurans، 10 مورد (5/12 درصد) Epidermophyton floccosum، 10 مورد (5/12 درصد) Trichophyton mentagrophytes، 8 مورد (0/10 درصد) Microsporum canis، 4 مورد (0/5 درصد) Trichophyton rubrum، 4 مورد (0/5 درصد) Arthroderma benhamiae، 2 مورد (5/2 درصد) Nannizzia fulva و 1 مورد (2/1 درصد) Nannizzia persicolor بودند. نتیجه گیری: با توجه به گزارش گونه های نادر درماتوفیت در این مطالعه، استفاده از روش های مولکولی نظیر تعیین توالی ژن ITS می تواند تنوع گونه ای درماتوفیت ها در یک منطقه را با دقت بیشتری نسبت به روش های ریخت شناسی (Morphology) تعیین کند.

مقدمه: Candidiasis منتشره، دیابت، حاملگی، مصرف بی رویه آنتی بیوتیک های وسیع الطیف، عوامل مستعد کننده Candidiasis دستگاه ادراری می باشند. شیوع عفونت با گونه های غیر Candida albicans رو به افزایش است. هدف از انجام این مطالعه، بررسی میزان شیوع گونه های Candida مسبب کاندیدوری در شهر اصفهان با استفاده از روش (PCR-RFLP) polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism بود.روش ها: از کشت تازه مخمری، DNA مربوط به کمک روش (FTA-card) Fast technology for analysis-card استخراج گردید. نواحی ITS1-5.8s-ITS2 به روش PCR تکثیر و سپس تحت تاثیر آنزیم MspI طی مراحل RFLP برش داده شد. محصولات در ژل آگارز الکتروفورز و بر اساس تفاوت های باندهای ایجاد شده، گونه های Candida شناسایی گردید.یافته ها: از تعداد کل 3200 نمونه ادرار بیماران، تعداد 80 نمونه شرایط ورود به مطالعه را داشتند؛ به این صورت، میزان شیوع کاندیدوری در مطالعه حاضر به میزان 2.5 درصد گزارش گردید. 4 نفر (5 درصد) از بیماران مورد مطالعه مرد و 76 نفر (95 درصد) زن بودند. عوامل زمینه ای شامل دیابت (47.5 درصد)، عفونت دستگاه ادراری (38.8 درصد)، سنگ کلیه (5.0 درصد) و سایر بیماری های زمینه ای (7 نفر معادل 8.8 درصد) بودند. 46.3 درصد نمونه ها، دارای 50´103-99´103 واحد کلنی در میلی لیتر ادرار (CFU/ml) بودند.Candida glabrata بالاترین فراوانی (41.3 درصد) را در بین انواع گونه ها به خود اختصاص داد.نتیجه گیری: افزایش گونه های غیر Candida albicans و مقاومت ذاتی برخی گونه ها، درمان Candidiasis را با چالش هایی روبه رو کرده است. شناسایی و تعیین هویت دقیق گونه های Candida، به خصوص در افراد مبتلا به دیابت و با عفونت ادراری، به منظور درمان صحیح و موثر، امری لازم و حیاتی به نظر می رسد.

سابقه و هدف: بیماری سل هر سال عامل مرگ 3 میلیون نفر در جهان می باشد و در حال حاضر 4 میلیون مورد فعال بیماری سل در دنیا وجود دارد. با توجه به ماهیت بیماری سل و مدت زمان مورد نیاز برای تشخیص مایکوباکتریوم توبرکلوزیس (عامل بیماری سل)، اصلی ترین استراتژی برای محدود کردن انتشار این باکتری ردیابی افراد آلوده می باشد. تعیین سویه های جدا شده از افراد آلوده می تواند نقش مهمی در ردیابی منبع عفونت ایفا نماید.مواد و روش ها: 70 نمونه مایکوباکتریوم توبرکلوزیس که از مرکز تحقیقات سل و بیماری های ریوی دریافت گردیده بود با روش  (Double repititive element - polymerase chain reaction) DRE-PCR تعیین سویه شد. ابتدا DNA تعیین سویه شد. ابتدا DNA باکتری استخراج و سپس با روش PCR قطعه مورد نظر تکثیر شد و محصولات PCR الکتروفورز و باندهای حاصل مورد بررسی قرار گرفت.یافته ها: 70 نمونه مایکوباکتریوم توبرکلوزیس که مربوط به 13 استان کشور و 9 نفر مهاجر بود به 14 گروه تقسیم شدند. در 70 نمونه 42 سویه تشخیص داده شد و میزان تنوع 60 درصد می باشد که نزدیک یا مشابه سایر مطالعات است. 31 عدد از الگوها (سویه ها) منحصر به فرد بوده و 39 عدد از آنها در 11 کلاستر قرار گرفتند که نتایج تقریبا مشابه با سایر مطالعات می باشد. ارتباط معنی داری بین الگوی خاص و محل سکونت، مهاجر بودن و مقاومت به ترکیبات ضد سلی مشاهده نشد.نتیجه گیری: روش DRE-PCR به علت ساده بودن، کم هزینه بودن و سرعت زیاد یک روش مناسب برای تعیین سویه های مایکوباکتریوم توبرکلوزیس در ایران می باشد.

مقدمه: کلبسیلا پنومونیه، پاتوژن فرصت طلب و یکی از عوامل شایع عفونت های بیمارستانی است که امروزه برخی از سویه های آن در برابر آنتی بیوتیک ها مقاوم شده و درمان عفونت را دشوار کرده اند. هدف از انجام پژوهش حاضر، استفاده از تکنیک واکنش زنجیره ای پلی مراز چندگانه (Multiplex polymerase chain reaction یا Multiplex PCR) به منظور ردیابی ژن های مقاومت به تتراسایکلین در ایزوله های بالینی کلبسیلا پنومونیه بود. روش ها: پس از جمع آوری نمونه های بالینی از بیمارستان های رضوی و قایم مشهد در سال 1399، جداسازی و شناسایی کلبسیلا پنومونیه با استفاده از روش های بیوشیمیایی و مولکولی (پرایمر اختصاصی Kp16S rRNA) انجام شد. الگوی مقاومت آنتی بیوتیکی برای 30 ایزوله ی شناسایی شده به روش دیسک دیفیوژن تعیین گردید. پس از طراحی پرایمر و Blast، ردیابی ژن های tet با روش PCR بهینه سازی شد. در نهایت، تکنیک Multiplex PCR با استفاده از سه جفت پرایمر و شاهد مثبت بهینه سازی شد. یافته ها: بیشترین و کمترین مقاومت آنتی بیوتیکی ایزوله ها به ترتیب شامل آمپی سیلین (0/90 درصد) و سفتریاکسون (7/26 درصد) بود و 3/53 درصد ایزوله های کلبسیلا پنومونیه از نظر فنوتیپی به تتراسایکلین مقاوم بودند. Multiplex PCR با دمای اتصال 55 درجه ی سانتی گراد بهینه سازی شد. هم زمان با ردیابی ژن Kp16S rRNA، ژن های tetA و tetB به ترتیب در 5/87 و 7/68 درصد از ایزوله های مقاوم به تتراسایکلین ردیابی شدند. 2/56 درصد ایزوله ها به طور هم زمان هر دو ژن tetA و tetB را حمل می کردند و 5/12 درصد ایزوله ها حامل یکی از ژن های tetA و یا tetB بودند. نتیجه گیری: تکنیک Multiplex PCR طراحی شده در مطالعه ی حاضر، روشی سریع، دقیق و حساس به منظور شناسایی کلبسیلا پنومونیه مقاوم به آنتی بیوتیک می باشد که می تواند برای نمونه های بالینی و یا در تحقیقات اپیدمیولوژیک استفاده شود.

مقدمه: لیپوپپتیدهای Pseudomonas مانند White line-inducing principle (WLIP) ، دارای فعالیت های ضد میکروبی حایز اهمیتی می باشند. زمانی که باکتری مولد WLIP در مجاورت با Pseudomonas tolaasii کشت داده شود، خط سفید رنگی در بین آن ها ایجاد خواهد شد. با شناسایی راهبرد White line reaction (WLR) و بررسی تنوعات آن در انواع مختلف Pseudomonas شاید بتوان از آن به عنوان رویکردی برای درمان بیماری های عفونی استفاده کرد. در این مطالعه، با استفاده از تکنیک Degenerated polymerase chain reaction (Degenerate PCR) سعی گردید تا برای اولین بار به طور جزیی سیستم ژنتیک WLR در Pseudomonas aeruginosa شناسایی شود.روش ها: آنالیز دمین آنزیم های Non-ribosomal peptide synthetase (NRPS) با استفاده از ابزار Nonribosomal peptide synthetase-Polyketide synthases (NRPS-PKS) انجام شد. همچنین، با به کارگیری برنامه Geneious الاینمنت چندگانه توالی DNA، آنالیزهای فیلوژنتیک و بلاست لوکال انجام گردید. در نهایت، DNA ژنومی LMG 1272 Pseudomonas aeruginosa  استخراج و Degenerate PCR انجام شد.یافته ها: در ابتدا تکثیر (PCR) بر اساس دمین های C1 و TE انجام شد. با وجود تکرارها و تغییرات متعدد، علاوه بر باند مورد نظر، باندهای دیگری نیز به دست آمد. بدین منظور، با استفاده از ژن wlp/wip بلاست بر علیه ژنوم های Pseudomonas aeruginosa انجام شد. دو رکورد در دو سویه Pseudomonas aeruginosa در حدود 50 درصد Identity با ژن wlpB سویه RW10S2 مشاهده شد. بعد از الاینمنت این دو رکورد با wlpB در RW10S2، طراحی پرایمر و تکثیر انجام شد. با انجام Blastp تنها یک پروتئین به نام Gramicidin D در باکتری Ralstonia solanacearum SD54 با میزان Identity حدود 43 درصد مشاهده شد.نتیجه گیری: تشکیل خط سفید دفاعی توسط سویه Pseudomonas aeruginosa به احتمال زیاد توسط یک سیستم ژنتیک متفاوت از آنچه که تاکنون گزارش شده است، انجام می شود.

مقدمه : بررسی تنوع ژنتیکی و شناسایی ژنوتایپ های مختلف انگل عامل بیماری مالاریا، باعث افزایش اطلاعات پایه ای در مورد انگل می شود و می تواند راهکار مناسبی برای بالا بردن کنترل و درمان بیماری در آینده باشد. از این رو، مطالعه ی حاضر با هدف بررسی ساختار ژنتیکی پلاسمودیوم ویواکس بر اساس ژن MSP-3a در بیماران مبتلا به مالاریا در اصفهان و بررسی میزان فراوانی انواع ژنوتایپ های این انگل انجام شد. روش ها: در این مطالعه، 40 نمونه خون از بیماران مبتلا به مالاریای آلوده به پلاسمودیوم ویواکس که به آزمایشگاه های مراکز بهداشتی استان اصفهان مراجعه کردند، جمع آوری شد. این نمونه ها با پرایمرهای اختصاصی بر اساس ژن MSP-3a و روش Nested polymerase chain reaction (Nested PCR) بررسی شدند. یافته ها: بر اساس اندازه ی محصول PCR، سه نوع ژنوتایپ A (در حدود 1900 جفت باز)، B (در حدود 1600 جفت باز) و C (در حدود 1200 جفت باز) از ژن PvMSP-3α مشاهده شد. ژنوتایپ A با 5/72 درصد، بیشترین میزان فراوانی را به خود اختصاص داده بود و در 10 درصد بیماران، هر دو ژنوتایپ A و B هم زمان مشاهده شد. میانگین تعداد انگل در میکرولیتر خون نیز در ژنوتایپ های مختلف، متفاوت بود. نتیجه گیری: بررسی میزان فراوانی ژن PvMSP-3α به عنوان یک نشانگر ژنتیکی مناسب می تواند جهت تشخیص انواع ژنوتایپ های پلاسمودیوم ویواکس و تعیین عفونت های هم زمان مورد استفاده قرار گیرد. همچنین، میزان پارازیتمی متفاوت در ژنوتایپ های مختلف، ممکن است نمایانگر متفاوت بودن الگوی عود، علایم بیماری، طول مدت عفونت، پاسخ ایمنی و مقاومت در ژنوتایپ های مختلف باشد و در تحقیقات تهیه ی واکسن به پژوهشگران کمک کند